La historia tiene lugar en una ciudad ideal conocida como "No. 6", la cual es una de las 6 únicas ciudades habitables luego de la guerra que casi extermina a la raza humana. El año del comienzo de la historia se ubica en 2013. Criado como un niño de alto rango élite desde los 2 años, un chico llamado Shion vive en un area exclusiva en No. 6. En la noche de su duodécimo cumpleaños, él rescata a un chico que se llama a sí mismo "Nezumi" (literalmente significa "Ratón"). Nezumi esta siendo cazado por el área especial de seguridad de la cuidad y tiene que escapar. Desde ese momento la vida de Shion cambia para siempre y tendrá que lidiar con la verdad que yace en el interior de la Ciudad.

La Serie OVA
Una enorme nave alienígena con forma de cilindro conocida por los humanos como "la Campana" (釣り鐘 Tsurigane), desciende un día sobre la Tierra. Militares de todo el mundo deciden hacerle frente, atacando con aviones y misiles del más poderoso calibre, pero sus esfuerzos son en vano, debido a que sus misiles son vaporizados como por arte de magia antes de inflinglir daño a la nave. Además la nave envía un ejército de robots para destruir a los aviones. Después de que el mundo entero observe la ineficacia del ataque militar, a la gente no le queda más remedio acostumbrarse a ser frecuentemente observado por unas esferas que provienen de la Campana y que ahora conviven con los humanos. Un grupo de estudiantes de la escuela secundaria Kitanohashi, que son miembros del Club de los Usuarios Mágicos, piensan que es posible destruir a la Campana usando la magia que practican.
Serie de Televisión
La campana ha sido derrotada, pero en su lugar quedó un gigantesco cerezo. El Club de Magia tiene que buscar de nuevo la forma de resolver el problema del árbol gigante, el cual está bloqueando la luz solar de la ciudad. Una misteriosa figura desciende sobre el árbol y observa a los miembros del club que tratan de lidiar con la magia en su vida diaria.

La historia gira entorno a Nai, quién busca a alguien importante para él, Karoku, teniendo como única pista un brazalete. Nai conoce a Gareki, un ladrón, cuando éste asalta la mansión donde Nai era prisionero, Gareki ayuda a Nai a escapar y pensando que son perseguidos por la policía se escapan en un tren que es secuestrado, en este incidente se topan con "Circus", la organización de defensa más poderosa del país , ellos se unen a esta organización especialmente por Nai que necesita ser protegido de la organización que está en contra de ellos, "Kafka". 7

Shirakiin Ririchiyo (la cual proviene de una familia rica y prestigiosa) decide ir a vivir sola a la Mansión Ayakashi (メゾン・ド・章樫 Mezon do Ayakashi?), también conocida como Ayakashikan (妖館?). Una mansión de alta clase que cuenta con la mejor seguridad donde solo a aquellos que cumplan con los requisitos, se les permite la entrada, y a cada persona se le asigna un agente del Servicio Secreto.
Pero aunque Ririchiyo haya rechazado tener un guardaespaldas, al llegar a la mansión se encuentra con el agente que se le ha asignado para protegerla y a pesar de sus intentos por expulsarlo, él se niega a separarse de su lado, ofreciendo su vida por su servicio.

La Guardian Hearts con el nombre de Hina, accidentalmente revela a sí misma a un niño, que es Wataki. Los dos comienzan a vivir juntos. Dado que la historia progresa, más niñas que viven con ellos comienzan por la misma razón.

Gakuen Alice cuenta la historia de Mikan Sakura, una niña de 10 años, que en busca de su mejor amiga Imai Hotaru, ingresa de forma imprevista en una escuela muy especial y extraña. A ella sólo pueden entrar personas que posean un alice, es decir, un poder especial que puede ser de cualquier tipo, desde la telepatía o volar hasta controlar el fuego o convertirse en gato. Ahí conoce a un chico de su edad, Natsume Hyuuga, al cual detesta. Alice escuela de magia es un manga que nos demuestra la grandeza de la amistad, el amor y el compañerismo, y principalmente el maltrato estudiantil, que es lo que se quiere erradicar en algunas escuelas donde aún tienen esa metodología.

La historia empieza poco después que Tōru Honda, una estudiante de instituto, perdiese a su madre en un accidente. Ella fue a vivir con su abuelo, pero como éste se había ido a la casa de un familiar por reformas que había que hacer en su hogar, Tōru decide irse a vivir sola, en una tienda de campaña que ha puesto en un terreno desocupado, desconociendo que era propiedad de la familia Sōma, en el bosque. Tōru se mantiene con un trabajo temporal y espera ayudar a su abuelo.
Tōru en camino hacia la escuela se encuentra una casa, entra y ve a Shigure cuando aparece . Toru iba de vuelta a su carpa Yuki Sōma (quien en un paseo nocturno con un integrante de su familia, Shigure, el primo de Yuki, ve a Tōru en el bosque, la sigue y se encuentran en su tienda de campaña), el "príncipe" y chico deseado de su escuela. Cuando Tōru amanece en casa de Yuki, se da cuenta de que el terreno en que ella estaba acampando pertenece a la afamada familia Sōma. La casa que los Sōma tienen en este terreno pertenece a Shigure. En eso aparece Kyō (primo de Yuki), con la intención de retar a Yuki a un combate. Tōru intenta detener a Yuki y Kyō para que no peleen, pero, al hacerlo, tropieza con un pedazo de madera que había caído del techo, cayendo sobre Kyō, Yuki y Shigure. La sorpresa de Tōru es enorme cuando ante el contacto con ella, los tres miembros de la familia Sōma se transforman en animales.
Tras volver a su forma humana, Shigure explica a Tōru que los miembros de la familia Sōma están afectados por la maldición del zodiaco chino (同士 jūnishi?), la cual consiste en que, al ser abrazados por miembros del sexo opuesto o hallarse en momentos de extrema agitación emocional, sus cuerpos se transforman en animales pertenecientes al zodiaco chino, según el mes de su nacimiento. La excepción sería Kyō, quien se transforma en el gato, el cual según la leyenda fue traicionado por la rata quedando fuera así del zodiaco chino. Como una forma de venganza, el gato lanzó una maldición sobre la rata y la maldición recayó sobre los otros animales. Esta traición es la que lleva a una extrema rivalidad entre Yuki (la rata) y Kyō (el gato), además de ser la base de la maldición de los Sōma. En toda la serie Tōru ira descubriendo a las demás personas con los demás animales, entablando amistad con la mayoría de estos. por otra parte en el colegio se le generan problemas cuando las fans del "principe" la ven muy apegada a yuki y a kio .
Tōru promete no revelar este secreto a nadie. El líder de la familia, Akito Sōma acepta en primera instancia que Tōru siga conviviendo con los Sōma. ...

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La historia es acerca de la vida que lleva una estudiante de segundo año de preparatoria, llamada Saya Kisaragi. Ella lleva una vida feliz en una aldea remota con su padre; es muy alegre y amable siempre que va de camino a la escuela entona una canción que ella misma inventó. Es hija de una sacerdotisa y vive en un templo que cuida junto a su padre.su madre cuando aún se encontraba con vida luchaba con los que llama "Furukimono", que son monstruos que devoran a los humanos, por lo que los cazaba para así poder proteger a la gente del pueblo, a sus amigos y a su padre. Saya y su padre no saben cocinar , así que su comida es preparada por Fumito-san, que estudio en el mismo colegio de su padre. A ella le encanta el café y le gusta mucho los "Guimauve" que Fumito-san le prepara. Ella tiene un carácter despistado por eso no se da cuenta de los sentimientos de afecto que algunos chicos de la serie sienten por ella.[spoiler]Su vida se llenará de problemas cuando se entere de la verdad de su pasado, y verá que todo en lo que creía es una mentira y un retorcido juego, en el que ella y todos los demás no son nada más que unos títeres y son utilizados básicamente para proteger.

Bajo el cuidado de su familia adoptiva, Saya Otonashi ha estado viviendo como una persona amnésica, pero fuera de eso como una adolescente ordinaria. La vida feliz y pacífica de Saya se ve afectada para siempre cuando es atacada por un quiróptero (vampiro en el manga), un monstruo hematófago con apariencia de murciélago gigante que se alimenta de sangre humana; entonces ella se da cuenta de que es la única persona capaz de derrotarlos.
Tras esto y, tras la muerte de su padre adoptivo, Saya se marcha de la ciudad de Okinawa en donde vive, para enfrentarse a la amenaza de los quirópteros alrededor del mundo. A Saya la acompañan sus dos hermanos, algunos amigos y su caballero Haji, en un viaje lleno de sorpresas que llevará a Saya a descubrir más sobre la naturaleza de los quirópteros y sobre su propio pasado, que se remonta hasta mediados del siglo XIX.

Una organización llamada Chronos gobierna en las sombras a gran parte de los políticos y las actividades económicas, en busca del orden. Sus miembros asesinan sin piedad a quienes se oponen a ellos. La historia comienza cuando Train, conocido como Gato Negro (Black Cat), uno de los asesinos más poderosos de la organización, conoce a una extraña mujer llamada Saya Minatsuki, que siempre viste un kimono llamativo y ablanda su corazón. Entonces decide no volver a recibir órdenes de nadie ni matar sin motivo. Saya es asesinada por Creed, quien la llama bruja, pues hizo que Train dejara de ser un asesino. Al poco tiempo abandona Chronos. Entonces conoce a Sven, un caza-recompensas muy peculiar y comienzan a trabajar como caza-recompensas junto a él y a Eve la niña que este cuida, una misteriosa niña con poderes sobrenaturales basados en la Nanotecnología y creada artificialmente por la doctora Tearju Lunatique. Tiempo después Train se entera de que Creed está formando una alianza conocida como "Los Apóstoles de la Estrellas", cuyo objetivo es destruir a Chronos y crear un nuevo orden mundial. En ese momento Train decide ir tras Creed como un cazarecompensas para vengar la muerte de su amiga Saya.